Esmansabogor memiliki struktur organisasi yang rapi untuk mengelola seluruh kegiatan pendidikan dan kesiswaan. Organisasi ini melibatkan unsur pimpinan sekolah, guru, staf, serta siswa.
Kepala sekolah menjadi pemimpin tertinggi yang bertanggung jawab atas seluruh kegiatan sekolah. Kepala sekolah dibantu oleh beberapa wakil kepala sekolah yang membidangi kurikulum, kesiswaan, sarana prasarana, dan hubungan masyarakat.
Guru-guru bertugas sebagai pendidik sekaligus pembimbing siswa. Mereka mengajar, membina kegiatan ekstrakurikuler, dan menjadi wali kelas yang mendampingi siswa dalam kegiatan akademik dan pembentukan karakter.
Staf tata usaha bertanggung jawab dalam bidang administrasi, keuangan, arsip, dan pelayanan sekolah. Mereka mendukung kelancaran kegiatan belajar mengajar dari sisi administrasi.
Di bidang kesiswaan, terdapat OSIS sebagai organisasi utama siswa. OSIS menjadi wadah siswa untuk belajar berorganisasi, memimpin, dan mengelola kegiatan sekolah seperti lomba, acara peringatan hari besar, dan kegiatan sosial.
Selain OSIS, ada juga MPK yang berfungsi sebagai pengawas dan penyalur aspirasi siswa. MPK bekerja sama dengan OSIS agar kegiatan berjalan sesuai aturan dan tujuan sekolah.
Setiap ekstrakurikuler memiliki struktur kepengurusan sendiri yang dipimpin oleh ketua siswa dan dibina oleh guru pembina. Ini melatih siswa bertanggung jawab dan bekerja sama dalam tim.
Komite sekolah beranggotakan perwakilan orang tua dan tokoh masyarakat. Komite membantu sekolah dalam pengawasan, dukungan program, serta pengembangan mutu pendidikan.
Ikatan alumni juga menjadi bagian penting dari organisasi pendukung sekolah. Alumni sering terlibat dalam kegiatan motivasi, beasiswa, dan pengembangan fasilitas sekolah.
Dengan organisasi yang tertata, Esmansabogor mampu menjalankan kegiatan pendidikan secara efektif dan melibatkan semua pihak dalam memajukan sekolah.